Tuning protein interactions with post-translational modifications – 4 Novembre 2020

Posted on October 28, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Winter DL, Iranmanesh H, Clark DS, and Glover DJ

Design of Tunable Protein Interfaces Controlled by Post-Translational Modifications

ASC Synthetic Biology
doi: https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00208

Responsable de la discussion :  David Jordan du Landry Lab

Mercredi 4 novembre à 11h30, TEAMS

https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00208

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Tuning protein interactions with post-translational modifications – 4 Novembre 2020

Mitonuclear incompatibilities in natural populations of leaf beetle – 21 Octobre 2020

Posted on October 15, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Rank NE, Mardulyn P, Heidl SJ, Roberts KT, Zavala NA, Smiley JT, Dahlhoff EP

Mitonuclear mismatch alters performance and reproductive success in naturally introgressed populations of a montane leaf beetle

Evolution
doi: https://doi.org/10.1111/evo.13962

Responsable de la discussion :  Damien Biot-Pelletier du Landry Lab

Mercredi 21 octobre à 11h30, TEAMS

https://doi.org/10.1111/evo.13962

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Mitonuclear incompatibilities in natural populations of leaf beetle – 21 Octobre 2020

How mutations in the receptor binding domain of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 affect affinity to ACE2 – 7 Octobre 2020

Posted on September 30, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Starr TN, Greaney AJ, Hilton SK, Ellis D, Crawford KHD, …, Bloom JD

Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding

Cell
doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.012

Responsable de la discussion :  Christian Landry

Mercredi 7 octobre à 11h30, TEAMS

https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.012

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on How mutations in the receptor binding domain of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 affect affinity to ACE2 – 7 Octobre 2020

Adjacent codon pairs in yeast modulate translation efficiency – 23 septembre 2020

Posted on September 22, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Gamble CE, Brule CE, Dean KM, Fields S, Grayhack EJ. 2016.

Adjacent Codons Act in Concert to Modulate Translation Efficiency in Yeast

Cell
doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.05.070

Responsable de la discussion :  Johan Hallin du Landry Lab

Mercredi 23 septembre à 11h30, TEAMS

https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.05.070

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Adjacent codon pairs in yeast modulate translation efficiency – 23 septembre 2020

Predicting protein interactions from coevolving residues – 6 Mars 2020

Posted on February 28, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Cong Q, Anishchenko I, Ovchinnikov S, Baker D. 2019.

Protein interaction networks revealed by proteome coevolution

Science
doi: 10.1126/science.aaw6718

Responsable de la discussion :  David Bradley du Landry Lab

Vendredi 6 mars à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://science.sciencemag.org/content/365/6449/185

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Predicting protein interactions from coevolving residues – 6 Mars 2020

Comment mieux citer nos collègues en 10 étapes faciles – 28 février 2020

Posted on February 21, 2020 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

L’auteur propose 10 « règles » pour une gestion responsable des références citées dans nos écrits scientifiques.

Penders 2018

Ten simple rules for responsible referencing  

PLoS Computational Biology

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006036

image tirée de : https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Citation_needed

Responsable de la discussion: Christian Landry

Vendredi 28 février 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

Posted in Integrative biology | Comments Off on Comment mieux citer nos collègues en 10 étapes faciles – 28 février 2020

Transcriptional scanning shapes germline mutation rates – 21 Février 2020

Posted on February 17, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Xia B, Yan Y, Baron M, Wagner F, Barkley D, Chiodin M, Kim SY, Keefe DL, Alukal JP, Boeke JD, Yanai I. 2020.

Widespread Transcriptional Scanning in the Testis Modulates Gene Evolution Rates

Cell
doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.12.015

Responsable de la discussion :  Damien Biot-Pelletier du Landry Lab

Vendredi 21 fevrier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867419313777

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Transcriptional scanning shapes germline mutation rates – 21 Février 2020

L’intégrité en recherche, la rétraction d’article et les collaborations en science – 14 février 2020

Posted on February 7, 2020 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

Nous discuterons des récentes révélations suggérant que des dizaines d’articles en écologie du comportement ont été basées sur des données contenant des erreurs, peut être falsifiées ou carrément potentiellement inventées, ce qui a mené à la rétraction de nombre d’entre eux jusqu’à maintenant et la création de plusieurs hashtag sur Twitter dont #PruittData et le plus controversé et moins objectif #Pruittgate

Nous lirons un billet de blog de Kate Laskowski qui est à UC Davis, la première scientifique qui a annoncé la rétraction de deux de ses articles faits en collaboration avec le chercheur qui a fourni les données de ces papiers (Jonathan Pruitt).

https://laskowskilab.faculty.ucdavis.edu/2020/01/29/retractions/

Nous pourrons aussi jeter un coup d’œil au site qui présente la liste des articles rétractés ou vérifiés et considérés comme encore de confiance et une explication de la séquence des événements par un des éditeurs qui a dû gérer la situation, Daniel Bolnick (American Naturalist).

http://ecoevoevoeco.blogspot.com/2020/01/the-pruitt-retraction-storm-part-2.html

la liste

https://docs.google.com/spreadsheets/d/11YnXhBNCNAv9aoE6tdfUqHBdo6YjaODWAh4k4-O1nDM/edit#gid=0

Un court article présentant la situation en général :

https://www.sciencemagazinedigital.org/sciencemagazine/07_february_2020_Main/MobilePagedArticle.action?articleId=1559413&app=false#articleId1559413

Nous pourrons discuter de cet exemple, de la façon exemplaire et respectueuse avec laquelle les gens impactés ont géré la situation, de l’effet dévastateur sur leur carrière et de quelles sont nos idées pour éviter ce genre de situation dans le futur. Il serait aussi intéressant de parler de reproductibilité en science et du besoin réel ou non d’avoir des résultats positifs pour être reconnu.

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 14 février 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

Posted in Uncategorized | Comments Off on L’intégrité en recherche, la rétraction d’article et les collaborations en science – 14 février 2020

Scales of protein evolution constraint – 7 Fevrier 2020

Posted on January 31, 2020 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Konaté MM, Plata G, Park J, Usmanova DR, Wang H, Vitkup D. 2019.

Molecular function limits divergent protein evolution on planetary timescales

eLife
doi: https://doi.org/10.7554/eLife.39705.001

Responsable de la discussion :  Angel Cisneros du Landry Lab

Vendredi 7 fevrier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://elifesciences.org/articles/39705

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Scales of protein evolution constraint – 7 Fevrier 2020

Est-ce que le stress donne des cheveux blancs? – 31 janvier 2020

Posted on January 27, 2020 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs étudient les mécanismes physiologiques qui sous-tendent l’association entre un stress aigu et l’apparition de cheveux blancs.

Zhang et al. 2020

Hyperactivation of sympathetic nerves drives depletion of melanocyte stem cells

 Nature

https://doi.org/10.1038/s41586-020-1935-3

Responsable de la discussion: Marie-Pier Brochu

Vendredi 31 janvier 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

Posted in Integrative biology | Comments Off on Est-ce que le stress donne des cheveux blancs? – 31 janvier 2020