What can we learn from the yeast gene-knockout collection – 4 Octobre 2019

Posted on September 27, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Puddu F, Herzog M, Selivanova A, Wang S, Zhy J et al. Kupiec M, Jackson SP, 2019.

Genome architecture and stability in the Saccharomyces cerevisiae knockout collection

Nature
DOI: https://doi.org/10.1534/genetics.115.185736

Responsable de la discussion :  Johan Hallin du Landry Lab

Vendredi 4 octobre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41586-019-1549-9

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Mutation or selection predicts genetic variation in C. elegans? – 20 septembre 2019

Posted on September 13, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Farhadifar R, Ponciano JM, Andersen EC, Needleman DJ and Baer CF, 2016.

Mutation Is a Sufficient and Robust Predictor of Genetic Variation for Mitotic Spindle Traits in Caenorhabditis elegans

Genetics
DOI: https://doi.org/10.1534/genetics.115.185736

Responsable de la discussion :  Mathieu Hénault du Landry Lab

Vendredi 20 septembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.genetics.org/content/203/4/1859

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Le chat sort du sac : comment un parasite reconnait ses hôtes – 13 septembre 2019

Posted on September 9, 2019 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

Toxoplasma infecte un rongeur et se reproduit ensuite dans son prédateur, le chat. Comment un parasite avec plusieurs hôtes arrivent t’il à les distinguer? Si on manipule le signal et qu’on “félinise” le rongeur, est-ce que Toxoplasma le prendra pour un chat?

Martorelli Di Genova et al. 2019

Intestinal delta-6-desaturase activity determines host range for Toxoplasma sexual reproduction

 

https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3000364

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

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Designing genes resistant to horizontal gene transfer in bacteria – 6 Septembre 2019

Posted on August 30, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Blazejewski T, Ho H-I, Wang HH, 2019.

Synthetic sequence entanglement augments stability and containment of genetic information in cells

Science
DOI: 10.1126/science.aav5477

Responsable de la discussion :  Diana Ascencio du Landry Lab

Vendredi 6 septembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://science.sciencemag.org/content/365/6453/595

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Adaptation et variations du nombre de copies de gènes – 30 août 2019

Posted on August 21, 2019 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

L’adaptation après la colonisation d’un nouvel environnement et les variations du nombre de copies de gènes

Ishikawa et al. 2019

A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes

https://science.sciencemag.org/content/364/6443/886.abstract

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 30 août 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Protein physics and evolution – 9 août 2019

Posted on August 5, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Bastolla U, Dehouck Y, Echave J. 2016

What evolution tells us about protein physics, and protein physics tells us about evolution

Current opinion in structural biology
DOI: 10.1016/j.sbi.2016.10.020

Responsable de la discussion :  Rohan Dandage du Landry Lab

Vendredi 9 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27865208

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How spatial environment facilitates cooperation in yeast – 23 août 2019

Posted on July 19, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

 Momeni B, Waite AJ, Shou W. 2013

Spatial self-organization favors heterotypic cooperation over cheating

eLife
DOI: 10.7554/eLife.00960

Responsable de la discussion :  Lou Nielly-Thibault du Landry Lab

Vendredi 23 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://elifesciences.org/articles/00960

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La littérature scientifique : guide de terrain – 19 juillet 2019

Posted on July 16, 2019 by Nadia Aubin-Horth

Journal club sur la biologie intégrative

Discussion sur nos approches pour utiliser la littérature scientifique.

Comment chercher, comment organiser ce que nous trouvons, comment la lire (quand combien, quoi) et comment prendre des notes utiles!

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 19 juillet 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Dominant subgenome in strawberry – 12 Juillet 2019

Posted on July 5, 2019 by Anna Fijarczyk

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

 Edger PP, Poorten TH, …, Knapp SJ. 2019

Origin and evolution of the octoploid strawberry genome

Nature Genetics
DOI: 10.1038/s41588-019-0356-4

figure2

Responsable de la discussion :  Souhir Marsit du Landry Lab

Vendredi 12 juillet à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0356-4

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Présenter ses objectifs de recherche: le test du chalk talk

Posted on July 2, 2019 by Nadia Aubin-Horth

Journal club InBio

La présentation de nos objectifs et questions de recherche:

le test du chalk talk

 

Ce « thread » de Jordan Ward sur le fameux « chalk talk » utilisé dans certains départements américains lors des entrevues pour un poste de professeur pose de bonnes questions qui s’appliquent en général à la recherche, peu importe le moment dans notre carrière.

This discussion of how we present our big question, our specific aims, and the associated sampling / experiment / bioinformatics project is highly relevant to post-docs who are building their own « research theme » but also to graduate students how have to communicate about their project several times during their studies, including in their final publication.

Il n’y a pas de papier à lire, vous n’avez qu’à regarder ces différents tweets dans le lien ci-bas et nous discuterons de nos approches pour présenter notre grande question, nos objectifs spécifiques et nos méthodologies associées.

Comment rejoindre un grand nombre de scientifiques de différents horizons? Quels sont les point principaux? Quelle est notre question ultime?

https://twitter.com/i/moments/936605571616083968

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