Tracking microbial populations at high resolution – 24 Janvier 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Nguyen Ba AN, Cvijović I, Rojas Echenique JI, Lawrence KR, Rego-Costa A, Liu X, Levy SF, Desai MM. 2019.

High-resolution lineage tracking reveals travelling wave of adaptation in laboratory yeast

Responsable de la discussion :  Marika Drouin du Landry Lab

Vendredi 24 janvier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41586-019-1749-3

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Doit-on utiliser des métaphores en biologie? – 17 janvier 2020

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs discutent de l’utilisation de métaphores pour avoir une conversation sur des concepts en biologie.

Olson et a. 2019

A User’s Guide to Metaphors In Ecology and Evolution

 Trends in Ecology & Evolution

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169534719300813

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 17 janvier 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Protein nanopore sequencing – 10 Janvier 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Ouldali H, Sarthak K, Ensslen T, Piguet F, Manivet P, Pelta J, Behrends JC, Aksimentiev A, Oukhaled A. 2019.

Electrical recognition of the twenty proteinogenic amino acids using an aerolysin nanopore

Responsable de la discussion :  Rohan Dandage du Landry Lab

Vendredi 10 janvier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0345-2

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Interpreting transcription factors to predict expression level – 13 Décembre

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Boer CG, Vaishnav ED, Sadeh R et al. 2019.

Deciphering eukaryotic gene-regulatory logic with 100 million random promoters

Responsable de la discussion :  Christian Landry

Vendredi 13 décembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0315-8

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Sélection sexuelle antagoniste chez l’épinoche : – 22 novembre 2019

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs ont utilisé le séquençage de génomes entiers de pools d’individus pour tenter de détecter de la sélection sexuelle antagoniste grâce aux différences de fréquence d’allèles.

Bissegger et al. 2019

Widespread intersex differentiation across the stickleback genome – The signature of sexually antagonistic selection?

Molecular ecology

 

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.15255

Responsable de la discussion: Florent Sylvestre

Vendredi 22 novembre 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Adaptation in conserved human proteins – 15 Novembre 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Castellano D, Uricchio LH, Munch K, Enard D, 2019.

Viruses rule over adaptation in conserved human proteins

Responsable de la discussion :  Anna Fijarczyk du Landry Lab

Vendredi 15 novembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/555060v1

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Selection on human mtDNA – 1 Novembre 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Wei W, Tuna S, Keogh MJ, Smith KR, Aitman TJ et al. Chinnery PF, 2019.

Germline selection shapes human mitochondrial DNA diversity

Responsable de la discussion :  Damien Biot-Pelletier du Landry Lab

Vendredi 1 novembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://science.sciencemag.org/content/364/6442/eaau6520

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Dix erreurs de statistiques courantes à éviter : – 25 octobre 2019

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs ont compilé une liste des 10 erreurs statistiques les plus courantes qui apparaissent dans la littérature scientifique. Une discussion qui sera utile à tous et à toutes.

Makin et Orban de Xivry. 2019

Ten common statistical mistakes to watch out for when writing or reviewing a manuscript

https://elifesciences.org/articles/48175

 

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 25 octobre 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Genome shaping by transposons in a fungal pathogen – 18 Octobre

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Faino L, Seidl MF, Shi-Kunne X, Pauper M, van den Berg GCM, Wittenberg AHJ and Thomma BPHJ, 2016.

Transposons passively and actively contribute to evolution of the two-speed genome of a fungal pathogen

Responsable de la discussion :  Pauline Hessenauer du Landry/Hamelin Lab

Vendredi 18 octobre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://genome.cshlp.org/content/early/2016/06/20/gr.204974.116

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Implication dans l’évolution du phénotype du transfert latéral d’un gène de virus : – 11 octobre 2019

Journal club sur la biologie intégrative

Les pucerons peuvent avoir des ailes ou non et cette variation du phénotype est plastique et liée à la densité. La capacité à répondre de façon plastique à la densité de congénère varie entre les génotypes et ceci serait dû à l’activité d’un gène viral inséré dans le génome du puceron par transfert latéral de gène.

Parker and Brisson. 2019

A laterally transferred Viral Gene Modifies Aphid Wing Plasticity

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0960982219306116

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 11 octobre 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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