Predicting protein interactions from coevolving residues – 6 Mars 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Cong Q, Anishchenko I, Ovchinnikov S, Baker D. 2019.

Protein interaction networks revealed by proteome coevolution

Responsable de la discussion :  David Bradley du Landry Lab

Vendredi 6 mars à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://science.sciencemag.org/content/365/6449/185

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Comment mieux citer nos collègues en 10 étapes faciles – 28 février 2020

Journal club sur la biologie intégrative

L’auteur propose 10 « règles » pour une gestion responsable des références citées dans nos écrits scientifiques.

Penders 2018

Ten simple rules for responsible referencing  

PLoS Computational Biology

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006036

image tirée de : https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Citation_needed

Responsable de la discussion: Christian Landry

Vendredi 28 février 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Transcriptional scanning shapes germline mutation rates – 21 Février 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Xia B, Yan Y, Baron M, Wagner F, Barkley D, Chiodin M, Kim SY, Keefe DL, Alukal JP, Boeke JD, Yanai I. 2020.

Widespread Transcriptional Scanning in the Testis Modulates Gene Evolution Rates

Responsable de la discussion :  Damien Biot-Pelletier du Landry Lab

Vendredi 21 fevrier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867419313777

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L’intégrité en recherche, la rétraction d’article et les collaborations en science – 14 février 2020

Journal club sur la biologie intégrative

Nous discuterons des récentes révélations suggérant que des dizaines d’articles en écologie du comportement ont été basées sur des données contenant des erreurs, peut être falsifiées ou carrément potentiellement inventées, ce qui a mené à la rétraction de nombre d’entre eux jusqu’à maintenant et la création de plusieurs hashtag sur Twitter dont #PruittData et le plus controversé et moins objectif #Pruittgate

Nous lirons un billet de blog de Kate Laskowski qui est à UC Davis, la première scientifique qui a annoncé la rétraction de deux de ses articles faits en collaboration avec le chercheur qui a fourni les données de ces papiers (Jonathan Pruitt).

https://laskowskilab.faculty.ucdavis.edu/2020/01/29/retractions/

Nous pourrons aussi jeter un coup d’œil au site qui présente la liste des articles rétractés ou vérifiés et considérés comme encore de confiance et une explication de la séquence des événements par un des éditeurs qui a dû gérer la situation, Daniel Bolnick (American Naturalist).

http://ecoevoevoeco.blogspot.com/2020/01/the-pruitt-retraction-storm-part-2.html

la liste

https://docs.google.com/spreadsheets/d/11YnXhBNCNAv9aoE6tdfUqHBdo6YjaODWAh4k4-O1nDM/edit#gid=0

Un court article présentant la situation en général :

https://www.sciencemagazinedigital.org/sciencemagazine/07_february_2020_Main/MobilePagedArticle.action?articleId=1559413&app=false#articleId1559413

Nous pourrons discuter de cet exemple, de la façon exemplaire et respectueuse avec laquelle les gens impactés ont géré la situation, de l’effet dévastateur sur leur carrière et de quelles sont nos idées pour éviter ce genre de situation dans le futur. Il serait aussi intéressant de parler de reproductibilité en science et du besoin réel ou non d’avoir des résultats positifs pour être reconnu.

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 14 février 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Scales of protein evolution constraint – 7 Fevrier 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Konaté MM, Plata G, Park J, Usmanova DR, Wang H, Vitkup D. 2019.

Molecular function limits divergent protein evolution on planetary timescales

Responsable de la discussion :  Angel Cisneros du Landry Lab

Vendredi 7 fevrier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://elifesciences.org/articles/39705

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Est-ce que le stress donne des cheveux blancs? – 31 janvier 2020

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs étudient les mécanismes physiologiques qui sous-tendent l’association entre un stress aigu et l’apparition de cheveux blancs.

Zhang et al. 2020

Hyperactivation of sympathetic nerves drives depletion of melanocyte stem cells

 Nature

https://doi.org/10.1038/s41586-020-1935-3

Responsable de la discussion: Marie-Pier Brochu

Vendredi 31 janvier 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Tracking microbial populations at high resolution – 24 Janvier 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Nguyen Ba AN, Cvijović I, Rojas Echenique JI, Lawrence KR, Rego-Costa A, Liu X, Levy SF, Desai MM. 2019.

High-resolution lineage tracking reveals travelling wave of adaptation in laboratory yeast

Responsable de la discussion :  Marika Drouin du Landry Lab

Vendredi 24 janvier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41586-019-1749-3

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Doit-on utiliser des métaphores en biologie? – 17 janvier 2020

Journal club sur la biologie intégrative

Les auteurs discutent de l’utilisation de métaphores pour avoir une conversation sur des concepts en biologie.

Olson et a. 2019

A User’s Guide to Metaphors In Ecology and Evolution

 Trends in Ecology & Evolution

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169534719300813

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 17 janvier 2020 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Protein nanopore sequencing – 10 Janvier 2020

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Ouldali H, Sarthak K, Ensslen T, Piguet F, Manivet P, Pelta J, Behrends JC, Aksimentiev A, Oukhaled A. 2019.

Electrical recognition of the twenty proteinogenic amino acids using an aerolysin nanopore

Responsable de la discussion :  Rohan Dandage du Landry Lab

Vendredi 10 janvier à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0345-2

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Interpreting transcription factors to predict expression level – 13 Décembre

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Boer CG, Vaishnav ED, Sadeh R et al. 2019.

Deciphering eukaryotic gene-regulatory logic with 100 million random promoters

Responsable de la discussion :  Christian Landry

Vendredi 13 décembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0315-8

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