Protein physics and evolution – 9 août 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Bastolla U, Dehouck Y, Echave J. 2016

What evolution tells us about protein physics, and protein physics tells us about evolution

Responsable de la discussion :  Rohan Dandage du Landry Lab

Vendredi 9 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27865208

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Protein physics and evolution – 9 août 2019

How spatial environment facilitates cooperation in yeast – 23 août 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

 Momeni B, Waite AJ, Shou W. 2013

Spatial self-organization favors heterotypic cooperation over cheating

Responsable de la discussion :  Lou Nielly-Thibault du Landry Lab

Vendredi 23 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://elifesciences.org/articles/00960

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on How spatial environment facilitates cooperation in yeast – 23 août 2019

La littérature scientifique : guide de terrain – 19 juillet 2019

Journal club sur la biologie intégrative

Discussion sur nos approches pour utiliser la littérature scientifique.

Comment chercher, comment organiser ce que nous trouvons, comment la lire (quand combien, quoi) et comment prendre des notes utiles!

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 19 juillet 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

Posted in Integrative biology | Comments Off on La littérature scientifique : guide de terrain – 19 juillet 2019

Dominant subgenome in strawberry – 12 Juillet 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

 Edger PP, Poorten TH, …, Knapp SJ. 2019

Origin and evolution of the octoploid strawberry genome

Responsable de la discussion :  Souhir Marsit du Landry Lab

Vendredi 12 juillet à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0356-4

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Dominant subgenome in strawberry – 12 Juillet 2019

Présenter ses objectifs de recherche: le test du chalk talk

Journal club InBio

La présentation de nos objectifs et questions de recherche:

le test du chalk talk

 

Ce « thread » de Jordan Ward sur le fameux « chalk talk » utilisé dans certains départements américains lors des entrevues pour un poste de professeur pose de bonnes questions qui s’appliquent en général à la recherche, peu importe le moment dans notre carrière.

This discussion of how we present our big question, our specific aims, and the associated sampling / experiment / bioinformatics project is highly relevant to post-docs who are building their own « research theme » but also to graduate students how have to communicate about their project several times during their studies, including in their final publication.

Il n’y a pas de papier à lire, vous n’avez qu’à regarder ces différents tweets dans le lien ci-bas et nous discuterons de nos approches pour présenter notre grande question, nos objectifs spécifiques et nos méthodologies associées.

Comment rejoindre un grand nombre de scientifiques de différents horizons? Quels sont les point principaux? Quelle est notre question ultime?

https://twitter.com/i/moments/936605571616083968

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology, Integrative biology | Comments Off on Présenter ses objectifs de recherche: le test du chalk talk

Monitoring protein segregation during a single cell division in yeast – 28 Juin 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Sugiyama S and Tanaka M. 2019

Distinct segregation patterns of yeast cell-peripheral proteins uncovered by a method for protein segregatome analysis

Responsable de la discussion :  Ugo Dionne du Landry Lab

Vendredi 28 juin à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.pnas.org/content/116/18/8909.long

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Monitoring protein segregation during a single cell division in yeast – 28 Juin 2019

Visualizing translation of single mRNAs – 14 Juin 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Boersma S, Khuperkar D, Verhagen BMP, Sonneveld S, Grimm JB, Lavis LD, Tanenbaum ME. 2019

Multi-Color Single-Molecule Imaging Uncovers Extensive Heterogeneity in mRNA Decoding

Responsable de la discussion :  Johan Hallin du Landry Lab

Vendredi 14 juin à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)30499-4?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867419304994%3Fshowall%3Dtrue

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Visualizing translation of single mRNAs – 14 Juin 2019

Estimating mutational load of lethal and nonlethal mutations – 31 Mai

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Galeota-Sprung B, Guindon B, Sniegowski P. 2019

The fitness cost of mismatch repair mutators in Saccharomyces cerevisiae: partitioning the mutational load

Responsable de la discussion :  Damien Biot-Pelletier du Landry Lab

Vendredi 31 mai à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/639765v1

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Estimating mutational load of lethal and nonlethal mutations – 31 Mai

Mutational bias in adaptive evolution – Mai 2019

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Svensson EI, Berger D. 2019

The role of mutation bias in adaptive evolution

Responsable de la discussion :  Anna Fijarczyk

Vendredi 17 mai à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.cell.com/trends/ecology-evolution/fulltext/S0169-5347(19)30030-8

Posted in Evolutionary genomics & Systems biology | Comments Off on Mutational bias in adaptive evolution – Mai 2019

Édition de génome et knock down en biologie intégrative – 10 mai 2019

Journal club sur la biologie intégrative

Les hauts et les bas des knock-out et des knock-down pour étudier les liens fonctionnels des gènes d’intérêt en biologie intégrative

Zimmer et al. 2019

Loss-of-function approaches in comparative physiology: is there a future for knockdown experiments in the era of genome editing?

 Journal of experimental Biology

http://jeb.biologists.org/content/222/7/jeb175737

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 10 mai 2019 à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

Posted in Integrative biology | Comments Off on Édition de génome et knock down en biologie intégrative – 10 mai 2019