Le rôle des inversions chromosomiques dans la spéciation chez les passereaux – 20 octobre 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Hooper DM et Price TD. 2017.

Chromosomal inversion differences correlate with range overlap in passerine birds

Nature Ecology & Evolution. 1:1526-1534

Bird_inversions

Responsable de la discussion : Anna Fijarczyk du laboratoire Landry

Vendredi 20 octobre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41559-017-0284-6

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La selection naturelle agit sur la plasticité en nature– 13 octobre 2017

Journal club sur la biologie integrative

Bacigalupe et al.

Natural selection on plasticity of thermal traits in a highly seasonal environment

https://www.biorxiv.org/content/early/2017/09/22/191825

doi: https://doi.org/10.1101/191825

 Capture d’écran 2017-10-10 à 03.11.36 PM

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 13 octobre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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L’évolution des interfaces entre les protéines – 6 octobre 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Ames RM, Talavera D, Williams SG, Robertson DL et Lovell SC. 2016.

Binding interface change and cryptic variation in the evolution of protein-protein interactions

BMC Evolutionary Biology. 16:40

Interface

Responsable de la discussion : Angel Cisneros du laboratoire Landry

Vendredi 6 octobre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-016-0608-1

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Les preprints en Biologie– 29 septembre 2017

Journal club sur la biologie intégrative

qu’est-ce qu’on preprint, tel que ceux soumis à BioRXiv, et leur utilisation comme source de littérature scientifique « ultra récente »

https://www.biorxiv.org

la possibilité de donner des commentaires aux auteurs et d’en recevoir lorsque nous sommes les auteurs du preprint grâce entre autre aux journal clubs de Preprints

https://www.prereview.org/

les initiatives pour créer des listes de « recommendation » de preprints tel que Peer Community in Evolutionary Biology « PCI Evol Biol»

https://evolbiol.peercommunityin.org/

Figure 1 from https://www.authorea.com/users/8850/articles/198235-welcome-to-prereview

Figure 1 from https://www.authorea.com/users/8850/articles/198235-welcome-to-prereview

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 29 septembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

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Exprimer des séquences aléatoires d’ADN in vivo pour mieux comprendre l’apparition des nouveaux gènes – 22 septembre 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Neme A, Amador C, Yildirim B, McConnell E et Tautz D. 2017.

Random sequences are an abundant source of bioactive RNAs or peptides

Nature Ecology & Evolution. 1:0127

RandomePeptides

Responsable de la discussion : Lou Nielly-Thibault du laboratoire Landry

Vendredi 22 septembre à 11h30, 1210 Pavillon Marchand

https://www.nature.com/articles/s41559-017-0127

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Extraire l’information disponible dans la littérature sur la fonction d’un gène– 15 septembre 2017

Journal club sur la biologie intégrative

Price et Arkin. 2017

PaperBLAST: Text Mining Papers for Information about Homologs

 

mSystems Aug 2017, 2 (4) e00039-17; DOI: 10.1128/mSystems.00039-17

Price_Arkin

Responsable de la discussion: Nadia Aubin-Horth

Vendredi 15 septembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

http://msystems.asm.org/content/2/4/e00039-17

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Comment organiser un journal club de bioinformatique réussi? – 8 sept. 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Lonsdale A, Sietsma Penington J, Rice T, Walker M et Dashnow H. 2016.

Ten Simple Rules for a Bioinformatics Journal Club

PLOS Computational Biology. 12(1):e1004526

jourtnal_clubs

Responsable de la discussion : Christian Landry

Vendredi 8 septembre à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004526

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Tous les gènes régulent tous les gènes : un modèle approprié pour les maladies génétiques? – 25 août 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Boyle EA, Li YI et Pritchard JK. 2017.

An Expanded View of Complex Traits: From Polygenic to Omnigenic

Cell. 169(7):1177-1186

Omnigenic

Responsable de la discussion : Clément Rougeux du laboratoire Bernatchez

Vendredi 25 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(17)30629-3

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Le génome humain exprime les allèles néandertaliens différemment de ceux de l’Homo sapiens ancestral – 11 août 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

McCoy RC, Wakefield J et Akey JM. 2017.

Impacts of Neanderthal-Introgressed Sequences on the Landscape of Human Gene Expression

Cell. 168(5):916-927

Print

Responsable de la discussion : Chris Eberlein du laboratoire Landry

Vendredi 11 août à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674%2817%2930128-9

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Intégrer la phylogénie, le génome et le transcriptome pour inférer les réseaux de régulation – 28 juillet 2017

Journal club sur la génomique évolutive et la biologie des systèmes

Koch C, Konieczka J, Delorey T, Lyons A, Socha A, Davis K, Knaack SA, Thompson D, O’Shea EK, Regev A et Roy S. 2017.

Inference and Evolutionary Analysis of Genome-Scale Regulatory Networks in Large Phylogenies

Cell Systems. 4(5):543-558

NetworkPhylogeny

Responsable de la discussion : Mathieu Hénault du laboratoire Landry

Vendredi 28 juillet à 11h30, 3225 Pavillon Marchand

http://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(17)30178-3

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